Kepala Sekolah SMP Swasta Santu Fransiskus semenjak berdiri masih 2 orang, yaitu :
1. Drs. Beatus Halawa
Kepala Sekolah semenjak berdiri pada tahun 1997 s/d tahun 1998 (2 tahun)
2. Damialus Buaton, S.Pd.
Kepala Sekolah semenjak tahun 1998 (menjabat sebagai pjs.) sampai sekarang ini (11 tahun). Provisiat!
Damialus Buaton lahir di Pusuk pada tanggal 17 Maret 1966 dengan pendidikan diploma 3 tahun 1989 dari Universitas NOMENSEN, terakhir sarjana (S1) jurusan Bahasa Inggris dari perguruan tinggi RIAMA pada tahun 2006.
